К недостаткам морских грузоперевозок следует отнести значительную зависимость морских судов от погодных условий и природных факторов. В данном контексте следует сказать о том, что отклонения от графика, установленного заранее, может достигать как нескольких дней, так и нескольких недель. Повлиять на задержку может сильный шторм, встречные ветра и т.д. Решением проблемы транспортировки скоропортящихся товаров морскими судами стало создание кораблей-рефрижераторов, которые перевозят товары в замороженном виде.
Недостатком морской грузоперевозки, в сравнении с автомобильной транспортировкой грузов, является отсутствие возможности доставки грузов по принципу «от двери к двери», так как груз необходимо транспортировать либо по железной дороге, либо с помощью автотранспорта от порта к заказчику.
